PCR-电泳法（Gap-PCR法）主要原理是将PCR产物进行电泳；而DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应。在一定的电场强度下，DNA分子的迁移速度取决于分子筛效应，即分子本身的大小和构型。因此不同的DNA分子即被分离出来，与Marker比较可判断结果。PCR-反向点杂交法是利用生物素标记的探针和特异性扩增PCR产物杂交，经相应的显色反应就能显出杂交信号，从而判定结果。
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